可危机却依旧没有解除。车辆刚开到市区，突然一根钢索袭来，被勾住的车子瞬间失控，开始滑行。待车辆停稳后，47尝试猛踩油门，想强行挣脱钢索的束缚。然而四面八方都埋伏着生物公司的安保，钢索被钉在钢筋混凝土之中。眼看47几人已成瓮中之鳖，随即大批安保顺着钢索滑了下来。

见此情形，47直接打开车门，掏出双枪，将出现的安保们当成移动靶子来打。虽然干掉了不少敌人，但对方的人数实在太多，还是有很多漏网之鱼，对着他们开始射击。47带着两人边打边退。可本就患有肺癌的科特，突然被一记冷枪打中小腿。他知道自己已经成了累赘，便让47赶紧带女儿先走。而47也当机立断的拉走了卡地亚，最终科特被约翰活捉。

卡地亚对47的行为十分愤怒，吵着要回去救父亲。无奈之下，47只好拿出针灸将他扎晕了。过去到了晚上，47独自来到了生物公司的大楼附近，面前的电脑里正播放着科特被审问的画面。原来白天在逃跑时，他偷偷将信号跟踪器放进了科特的口袋，并成功破译信号，黑进了生物公司的监控系统。

而他的任务也从来不是保护科特妇女，而是猎杀生物公司的大老板。之前总部派去的十几名杀手，全被大老板手下的安保团队干掉。所以科特被抓，是47故意引诱大老板走出安全屋的诱饵。

趁着大老板亲自来审问科特，47的声音如鬼魅般在房间里响起。47说出他要和大老板做场交易，他知道对方费尽心思，就是为了得到科特的基因研究成果，从而打造一支军团。但卡特这辈子最完美的实验心血，就是他的女儿卡蒂亚。无与伦比的速度和力量，还有过人的超高智商，都在卡蒂亚的体内。只要交出科特，他就把卡地亚送到他面前。

随后大老板顺着47的指引看向大楼外，只见一架直升机突然出现，而卡地亚则被绑在里面。愤怒的卡地亚以为47出卖了他。看着被抓的父亲和近在咫尺的幕后黑手，恼羞成怒的他猛然推动操纵杆，直接朝大楼撞了上去。直升机风卷残云般的横扫了整片区域，大批安保被当场送去了西北。一名安保上前查看，不料卡地亚从残骸中跳出，一枪将其带走。接着他开启了感知能力，精准预测所有敌人的位置后，他开始了悄无声息的屠杀。仅仅片刻的功夫，在场的安保就被他全部解决。

另一边逃跑的大老板正准备躲回安全屋，却不料47早已等候多时。约翰见状让对方先走，自己则和47再次打了起来。不过47的身手依旧完全碾压他，一手枪斗术打的约翰毫无还手之力，但靠着皮下的泰式防弹衣，身中数枪的他依旧不痛不痒。很快子弹耗尽了，47就落入了下风。

关键时刻，47注意到了墙壁里裸露的高压电，立马想到了干掉对方的办法。他快速掏出钢丝缠在约翰的脖子上，直接将对方电了个外酥里嫩。这时卡地亚也找到了47，此时的他也明白了，自己是被47当成诱饵，吸引了大部分敌人。不过现在两人只能先合作杀掉大老板，救出科特。

而大老板此时已经带着科特坐上了直升机，好在47和卡地亚及时赶到，两人二话不说直接开杀。这一刻他们默契十足，每开一枪都会带走一个安保，很快就解决了在场的所有敌人。可这时的直升机已经飞离了大楼，看着活下来的47和卡地亚，科特欣慰的掏出了一个吸入器。

大老板刚察觉到不对劲为时已晚，下一秒直升机瞬间发生爆炸。为了让女儿可以安稳的生活，科特选择和大老板同归于尽。看见这一幕的47也拿出手机，向组织汇报了猎杀目标已经完成。47转头看向卡地亚，很明显他的另一个猎杀目标就是卡地亚，但他已经厌倦了这种被当工具的生活。

不过47的抗命并没让上级感到意外，因为组织早就料到他会反叛。这时卡地亚利用能力感知到了一个敌人正快速靠近，随着电梯门缓缓打开，竟出现了一个跟47一模一样的杀手，而他的代号是4847，见状迅速展开反击。影片结尾，被电成白毛的约翰竟然又活了过来。